Lo Screenshot riportato di seguito mostra il pannello di selezione dei file o delle cartelle che si è scelto di confrontare che appare cliccando, nella schermata principale di WinMerge, "Open..." dal menù "File".
Il pannello di selezione permette quindi di scegliere il file che verrà mostrato nella finestra di "sinistra" e quello che apparirà nella finestra di "destra". Inoltre offre la possibilità di scegliere i "Filtri", cioè di scegliere le estensioni dei file che si desidera analizzare nel confronto di due cartelle, e di selezionare gli "Unpacker", cioè dei plugin per il preprocessing di file che il software non è in grado di leggere correttamente da solo, come ad esempio documenti Word.
