Nella schermata riportata di seguito è riportato lo screenshot del menù "Strumenti" di Paint.NET.
Gli strumenti utilizzabili sono: selezione rettangolare, selezione libera, selezione ellittica, pennello, preleva colore, etc..
Inoltre è anche stato implementato lo strumento "Bacchetta Magica", classico del Photoshop, che consente di selezionare i contorni delle immagini e delle foto da modificare.
